基宗的职权很大,他们除管辖**在后藏的所有宗溪之外,也管辖班禅所属四个宗和所有溪卡,这就侵犯了班禅的固有地位和职权。在设立了基宗之后,即向班禅辖区的百姓征收与摊派军粮税款和乌拉。这样就使班禅与**这间的关系日趋恶化。

1916年班禅写信给**,指出基宗干涉寺政不当,并要求会晤,解决问题,**复信拒绝。到了1919年春,**同意班禅去拉萨会晤,但无结果。

这样,一直到了1923年,**命令扎什伦布寺的几个负责官员前往拉萨,这几个官员到拉萨后,未经审问,即被投入监狱。当班禅得知这一消息后,感到是大祸临头的先光,如不逃走,势将危及自己的生命安全。于是立即决定,向内地出走。但他怕日喀则基发觉,作了必要安排。1923年11月15日夜,九世班禅领侍从15人,向北出走,无人知晓。三日之后,即11月18日晚,九世班禅的苏本堪布罗桑坚赞等100余人乘月色逃出,追赶班禅,疾行五日夜,才会合一起,直向藏北羌塘前进。由那里越唐古拉山脉,即入青海境内。

1924年农历5月4日到达兰州,甘肃督军陆洪涛率领官员、军队数千人在兰州郊外迎接。班禅经过的街道皆用黄布铺路,扎了彩色牌坊,“备极庄严”。北洋政府大总统曹锟特派李乃芬为“迎护专员”,率卫队百人由北京前来兰州欢迎,此后一直在外流亡,西藏事务由,十三世**喇嘛把持,他奉行的是“骑墙政策”,两边观望的态度,后世一直在外高分裂活动的是第十四世**喇嘛,叫丹增嘉措。